Karakterizacija analize ekspresije 4 gena u cirkulirajućim tumorskim stanicama pomoću multipleks-PCR AdnaTest kita na lab-on-a-chip Agilent DNA 1000 platformi

Škereňová M, Mikulová V, Čapoun O, Zima T. The characterization of four gene expression analysis in circulating tumor cells made by Multiplex-PCR from the AdnaTest kit on the lab-on-a-chip Agilent DNA 1000 platform. Biochem Med 2016;26(1):103-13. (originalni članak)

Uvod: Danas je tzv. on-a-chip sustav za kapilarnu elektroforezu rutinska metoda za detekciju PCR fragmenata. Agilent 2100 Bioanalyzer jedan je od prvih komercijalno dostupnih uređaja u ovom području. Istraživanje je ustrojeno kako bi se proučile karakteristike Agilent DNA 1000 komercijalnog reagensa u analizi PCR fragmenata, kao dijela tehnike detekcije cirkulirajućih tumorskih stanica (CTS). Unatoč uobičajenoj upotrebi ovog reagensa, još uvijek nedostaje kompleksnija analiza rezultata dugoročnih projekata.
Materijali i metode: Komercijalno dostupan reagens Agilent DNA 1000 korišten je u završnoj fazi CTS detekcije (AdnaTest) za određivanje pristunosti PCR fragmenata dobivenih pomoću Multilpex PCR. Analizirani su podaci prikupljeni tijekom 2 godine istraživanja. Uključeno je 30 bolesnika oboljelih od karcinoma prostate kako bi se odredila istinitost i preciznost određivanja PCR fragmenata. Provedena su dodatna ispitivanja kako bi se pobliže ispitala preciznost (ponovljivost, reproducibilnost) i robusnost određivanja koncentracije PCR fragmenata.
Rezultati: Istinitost i preciznost određivanja veličine PCR produkta su manji od 3%, odnosno 2%. Ponovljivost određivanja koncentracije PCR produkta je manja od 15%. Razlika u određivanju koncentracije raste ukoliko je korak pohrane Multiplex-PCR produkta dodan između dva mjerenja istog uzorka.
Zaključak: Karakteristike sustava dobivene u našem istraživanju su u skladu sa specifikacijama proizvođača. Međutim, određivanje koncentracije može varirati ovisno o pripremi mikropostroja (engl. chip), pohrani uzorka i njegovoj koncentraciji. Varijacija u ponovljivosti određivanja koncentracije od 15% pokazala se djelomično proporcionalnom i može se suprimirati prikladnom normalizacijom.

Prijevod: Adrijana Dorotić, KB Sveti Duh, Zagreb